هری پاتر تابستان سختی را پشت سر گذاشته‌است، او از لرد ولدمورت و کار‌های اخیرش کاملا بی خبر بوده‌است. روزی که او با پسر خاله غیر جادوگرش دعوا می‌کند دیوانه‌سازها که نگهبانان زندان آزکابان هستند پیدا می‌شوند و به آن‌ها حمله می‌کنند و هری آن‌ها را با جادو فراری می‌دهد.
اما هری به دلیل اینکه قبل ۱۷ سالگی از جادو استفاده کرده توسط وزارت سحر و جادو به دادگاه احضار می‌شود. او سرانجام تبرئه شده وبه مدرسه می‌رود. معلم جدیدی امسال به مدرسه آمده که بسیار سختگیر است.

کل داستان به این مشغول است که تشکیلاتی سری به نام محفل ققنوس تشکیل شده که بر ضد لرد ولدمورت کار می‌کند، مدیریت محفل ققنوس را آلبوس دامبلدور بر عهده دارد. دیگر جوانب داستان مبارزه غیر مستقیم هری پاتر و وزارت سحر و جادو را نشان می‌دهد زیرا وزارت سحر و جادو بازگشت ولدمورت را انکار می‌کند و مقالاتی ضد هری پاتر و آلبوس دامبلدور در روزنامه‌ها به چاپ می‌رساند.
هری خواب‌هایی می‌بیند که همه به واقعیت تبدیل می‌شود. او در واقع با ذهن ولدمورت در ارتباط است و احساسات او را درک می‌کند و زمان‌هایی که خواب است تمام اتفاقاتی را که او انجام می دهد و یا می‌بیند از چشم خود ولدمورت شاهد است.
سر انجام او خوابی می‌بیند که سیریوس بلک پدر خوانده اش اسیر ولدمورت است و به همین دلیل به مکانی که در خواب دیده، که جایی در وزارت سحر و جادو است، می‌رود. دوستانش هم با او می‌آیند اما مشخص می‌شود که ولدمورت او را فریب داده تا او به وزارت سحرو جادو بیاید و گویی که پیشگویی هری و ولدمورت در آن نوشته شده را بیابد. هری اسیر مرگ‌خواران می‌شود و پس از کمی مبارزه اعضای محفل ققنوس فرا می‌رسند.
سر انجام گوی پیشگویی می‌شکند و کسی پیشگویی را نمی‌فهمد ... دامبلدور با ولدمورت مبارزه می‌کند و هری به هاگوارتز باز می‌گردد.

هری با دامبلدور صحبت می‌کند و محتوای پیشگویی را می‌فهمد. پیشگویی از این قرار است که: کسی که می‌تواند ولدمورت راشکست دهد در پایان ماه ژوئیه به دنیا آمده و نشانی مخصوص دارد. او و ولدمورت با حضور هم نمی‌توانند زندگی کنند.
هری به خانه می‌رود تا در آرامش با این مسئله بزرگ کنار بیاید که تنها کسی که می‌تواند بزرگترین جادوگر سیاه هزاره اخیر را از بین ببرد خود اوست.